Добрый день!
Сразу отмечу, что налоговики оспаривают возможность льготирования по НДФЛ суммы компенсации процентов по кредиту, выплачиваемой работодателем, применяющим УСН (Письмо Минфина РФ от 07.10.2010 N 03-04-06/6-246). Арбитражную практику по данной ситуации я не встречал.
Цитата: Как определить ежемесячную сумму этих выплат, надо просить ежемесячно сотруднику чтото приносить в подтверждение оплаты процентов
Да, нужно ежемесячно получать платежный документ и расшифровку начисленных процентов, предоставленную банком, чтобы не было сомнений в том, что возмещается именно оплаченная работником сумма процентов по кредиту, а не сам кредит.
Цитата: можно ли гасить их задним числом (например с прошлого года, то есть с даты начала ипотеки)
Думаю, что в случае, если в допсоглашении к трудовому договору прописать, что работодатель компенсирует работнику проценты, уплаченные работником с даты начала действия кредита, можно осуществить компенсацию таких процентов.
Цитата: При этом сотрудник приобрел имущество в ипотеку сам, но со заемщиком является супруг. не надо ли както между ними эти суммы распределять?
Нет, распределять проценты между созаемщиками не нужно. Главное, чтобы платежный документ на уплату процентов был оформлен именно на работника (Письмо Минфина России от 13.01.2014 N 03-03-07/291).